01 · UCAR-T 解决方案

通用型CAR-T全流程
安全性评估方案

整合CRISPR脱靶检测、染色体稳定性分析、整合位点及单细胞克隆追踪,满足UCAR-T产品IND申报安全性数据需求,为您的CAR-T疗法开发保驾护航。

脱靶检测 染色体稳定性 整合位点 单细胞多组学 克隆追踪

技术背景与原理

CAR-T 等工程化淋巴细胞需经病毒或电穿孔等方式引入外源 TCR/CAR 及可能的基因编辑。Cas9 等核酸酶在基因组上引入多位点 DSB 时,可伴随脱靶、染色体易位与大片段重排,因此临床前/申报资料中常需全基因组与连接层面的安全性证据。慢病毒与逆转录类整合的插入位点偏倚与近癌基因(例如 LMO2 相关历史事件)的关联,使整合位点、拷贝数与克隆性成为重要监测指标。GUIDE-seq、PEM-seq、长读长测序及单细胞多组学各自回答不同分辨率的“安全性问题”。

方案流程

01

CRISPR编辑脱靶检测

采用GUIDE-seq、PEM-seq等多种方法,全面评估CRISPR编辑的基因组脱靶情况。

02

染色体稳定性分析

检测染色体重排、大片段缺失及结构变异,保障编辑后T细胞基因组完整性。

03

载体整合位点分析

通过LM-PCR及液相捕获技术,精准鉴定CAR载体在T细胞基因组中的整合位点。

04

单细胞克隆追踪

结合scVDJ及单细胞转录组测序,解析CAR-T细胞克隆多样性与功能状态。

检测方法矩阵

GUIDE-seq 细胞水平脱靶检测
PEM-seq 染色体重排检测
长读长WGS结构变异检测
LM-PCR慢病毒整合位点分析
液相捕获整合位点检测
scVDJ单细胞免疫组库测序
Perturb-seq单细胞转录组
HLA分型(Sanger/三代测序)
SpCas9残留蛋白检测(ELISA)
sgRNA残留检测(RT-qPCR)

参考文献

Tsai SQ, et al. GUIDE-seq enables genome-wide profiling of off-target cleavage by CRISPR-Cas nucleases. Nat Biotechnol. 2015;33:187–197意义与启发:为 Cas9 类核酸酶无偏全基因组脱靶位点发现提供可实验复现的框架,是 CAR/基因编辑 T 细胞前安全性研究的常用引用。
Yin J, et al. Optimizing genome editing strategy by primer-extension-mediated sequencing. Cell Discov. 2019;5:18意义与启发:以连接/延伸思路定量染色体重排与易位,对“多位点编辑-结构变异风险”的评估尤为相关。

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