05 · 碱基编辑 解决方案

碱基编辑安全性
评估方案

针对ABE/CBE碱基编辑器的DNA及RNA水平脱靶检测,提供完整安全性数据包,支持碱基编辑疗法的临床前安全评估。

Detect-seq转录组脱靶ABE/CBEPCR-free WGS

技术背景与原理

胞嘧啶/腺嘌呤碱基编辑依赖 nCas9 将脱氨酶与靶 DNA 并置,可在不产生完整 DSB 的情况下介导 C→T 或 A→G 等转换;这改变了脱靶与安全性评估的假设——需同时关注 DNA 与 RNA 水平的脱氨副反应及 gRNA/非 gRNA 依赖的 DNA 位点。针对 CBE,DETECT-seq(Lei 等,Nat Methods. 2021;18:643–651)在尿嘧啶脱氨基化反应产生的化学可标记中间体上引入富集性化学标签,经全基因组建库与测序还原与脱氨酶—切口酶活动一致的编辑位点,包括 PAM/间隔区依赖及非常规的脱靶模式;这一思路与仅依据 gRNA 同源性作计算机列表的方法互补,是碱基编辑临床前与申报情境下常被引用的全基因组无偏安评策略之一。

方案流程

01

DNA水平脱靶检测

Detect-seq(CBE专用)方法,全基因组无偏好地检测胞嘧啶碱基编辑的DNA脱靶事件。

02

RNA水平脱靶检测

转录组测序分析碱基编辑器在RNA水平的脱靶编辑,全面评估编辑安全性。

03

编辑效率检测

高灵敏度扩增子测序定量检测靶位点编辑效率,确保编辑工具性能。

04

PCR-free WGS全基因组脱靶

无PCR偏好的全基因组测序,无偏评估碱基编辑产生的全基因组随机突变负荷。

检测方法矩阵

Detect-seq(CBE DNA脱靶)
ABE/CBE转录组脱靶(RNA水平)
BE PCR-free WGS脱靶检测
碱基编辑效率检测
染色体核型分析

参考文献

Komor AC, et al. Programmable editing of a target base in genomic DNA without double-stranded DNA cleavage. Nature. 2016;533:420–424意义与启发:建立 CBE 的分子与细胞学框架,是碱基编辑疗法与安评技术讨论的起点。
Lei L, et al. DETECT-seq reveals out-of-protospacer editing and target-strand DNA polymerization induced by nickase base editors. Nat Methods. 2021;18:643–651意义与启发:显示碱基编辑脱靶评估需与脱氨酶-切口酶协同机制一致的无偏全基因组方法。

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